近日，記者從中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京畜牧獸醫(yī)研究所了解到，國(guó)際首例豬T2T全基因組組裝——民豬完整基因組已成功構(gòu)建完成。這一成果標(biāo)志著豬基因組研究正式邁入“完整解析”的新時(shí)代。

　　據(jù)悉，該成果是由中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京畜牧獸醫(yī)研究所張龍超研究員團(tuán)隊(duì)、黑龍江省農(nóng)業(yè)科學(xué)院畜牧研究所劉娣研究員團(tuán)隊(duì)、重慶市畜牧科學(xué)院王金勇研究員團(tuán)隊(duì)、岳麓山實(shí)驗(yàn)室印遇龍?jiān)菏繄F(tuán)隊(duì)以及四川農(nóng)業(yè)大學(xué)李明洲教授團(tuán)隊(duì)聯(lián)合攻關(guān)取得的。研究團(tuán)隊(duì)基于三代測(cè)序、ONT、Hi - C等前沿技術(shù)，填補(bǔ)了豬T2T基因組組裝領(lǐng)域的空白，為豬遺傳育種和功能基因挖掘提供了高精度的“藍(lán)圖”，該成果達(dá)到了國(guó)際領(lǐng)先水平。

　　其一，基因組最為完整，填補(bǔ)國(guó)際空白。研究團(tuán)隊(duì)以中國(guó)北方具有代表性的地方豬種——民豬作為研究對(duì)象，成功組裝出基因組大小為2.66Gb的完整基因組，其連續(xù)性指標(biāo)N50值達(dá)到了Scrofa11.1參考基因組的三倍。更為重要的是，團(tuán)隊(duì)首次完整解析了民豬所有染色體的著絲粒和端粒結(jié)構(gòu)，發(fā)現(xiàn)1 - 12號(hào)染色體及X染色體為中間著絲粒，而13 - 18號(hào)染色體為端著絲粒，這為揭示染色體進(jìn)化機(jī)制提供了關(guān)鍵數(shù)據(jù)。

　　其二，泛基因組最為全面，解碼結(jié)構(gòu)變異。基于T2T框架，團(tuán)隊(duì)構(gòu)建了高質(zhì)量的民豬泛基因組，鑒定出194,234個(gè)高置信結(jié)構(gòu)變異（SV），并系統(tǒng)解析了SV的分布特征與功能關(guān)聯(lián)。這一成果將豬基因組結(jié)構(gòu)變異的解析能力提升到了一個(gè)新高度，為精準(zhǔn)挖掘重要性狀相關(guān)基因奠定了技術(shù)基礎(chǔ)。

　　其三，發(fā)現(xiàn)冷適應(yīng)基因，助力抗寒育種。依托T2T基因組數(shù)據(jù)，團(tuán)隊(duì)新發(fā)現(xiàn)了89個(gè)與冷適應(yīng)相關(guān)的候選基因，其中TPT1基因被確認(rèn)為關(guān)鍵調(diào)控因子。通過整合SV與RNA測(cè)序分析，進(jìn)一步鎖定了17個(gè)與結(jié)構(gòu)變異直接關(guān)聯(lián)的冷適應(yīng)基因。這些發(fā)現(xiàn)為培育耐寒豬種、應(yīng)對(duì)極端氣候提供了重要靶點(diǎn)。

　　其四，育種應(yīng)用潛力巨大，準(zhǔn)確度顯著提升。研究團(tuán)隊(duì)利用泛基因組SV數(shù)據(jù)，評(píng)估了基因組選擇（GS）技術(shù)對(duì)豬胴體性狀的預(yù)測(cè)效果。結(jié)果顯示，在6個(gè)性狀中有5個(gè)的預(yù)測(cè)準(zhǔn)確性超過70%，最高達(dá)到88%。同時(shí)，80%以上的性狀在“SNP + SV”標(biāo)記組合下達(dá)到了最優(yōu)預(yù)測(cè)水平，較傳統(tǒng)方法提升了2% - 4%。此外，團(tuán)隊(duì)通過精細(xì)定位發(fā)現(xiàn)了調(diào)控豬體型的關(guān)鍵基因組區(qū)域CL3及核心SV位點(diǎn)，為高效選育優(yōu)質(zhì)種豬提供了新策略。

　　該成果不僅實(shí)現(xiàn)了豬基因組研究的里程碑式突破，還在應(yīng)用層面展現(xiàn)出諸多優(yōu)勢(shì)：在基因組完整性方面，為豬遺傳多樣性研究、進(jìn)化分析及疾病抗性基因挖掘提供了完整參考；SV標(biāo)記的應(yīng)用顯著提升了基因組選擇的效率，加速了優(yōu)良性狀的定向改良，實(shí)現(xiàn)了精準(zhǔn)育種；冷適應(yīng)基因的發(fā)現(xiàn)為環(huán)境適應(yīng)性育種開辟了新路徑，有助于養(yǎng)殖業(yè)提質(zhì)增效，提高產(chǎn)業(yè)適配性。

　　未來，科研團(tuán)隊(duì)還將進(jìn)一步拓展T2T基因組在豬功能基因組學(xué)、分子設(shè)計(jì)育種等領(lǐng)域的應(yīng)用，推動(dòng)我國(guó)生豬種業(yè)核心技術(shù)自主創(chuàng)新，為保障糧食安全和鄉(xiāng)村振興注入科技動(dòng)力。